Une simple molaire retrouvée dans la grotte de Denisova, en Sibérie, vient de livrer le plus vieux génome humain jamais séquencé à haute résolution. Vieux d’environ 200 000 ans, il révèle des métissages répétés entre Dénisoviens et Néandertaliens.

En octobre 2025, l’équipe de Stéphane Peyrégne, à l’Institut Max-Planck d’anthropologie évolutionniste de Leipzig, a mis en ligne le génome d’un individu dénisovien baptisé Denisova 25. L’ADN a été extrait d’une molaire supérieure gauche découverte dans une couche profonde de la grotte de Denisova, dans les monts Altaï, en Sibérie. La couche est datée d’environ 200 000 ans.

Un génome d’une qualité exceptionnelle

Les chercheurs ont reconstitué ce génome à une couverture d’environ 24 fois — une qualité rare pour un échantillon aussi ancien. C’est le plus vieux génome humain de haute résolution jamais obtenu : il devance d’environ 80 000 ans le précédent record, celui d’un Néandertalien d’à peu près 120 000 ans.

Une seule dent vieille de 200 000 ans suffit désormais à remonter le fil des unions entre Dénisoviens et Néandertaliens.

Des Dénisoviens métissés, encore et encore

Denisova 25 était un mâle appartenant à un petit groupe dénisovien précoce, qui s’était déjà croisé avec des Néandertaliens anciens. Ce groupe a ensuite été remplacé, sur le même site, par des Dénisoviens ayant à leur tour hybridé avec des Néandertaliens plus tardifs : la lignée porte davantage d’ADN néandertalien que les Dénisoviens plus récents.

Le génome révèle aussi une forte consanguinité chez les ancêtres de l’individu, et il affine les grands repères de notre arbre : le modèle proposé recule la séparation entre les ancêtres africains des humains modernes et la lignée néandertaliens-dénisoviens à environ 700 000 à 825 000 ans. Il permet de distinguer au moins trois groupes dénisoviens ayant contribué à l’ADN des populations actuelles.

Une préimpression à confirmer

Ces résultats confirment que les Dénisoviens n’étaient pas une population homogène, mais une mosaïque de groupes distincts se succédant dans l’Altaï. Il s’agit pour l’instant d’une préimpression, non encore validée par une relecture formelle par les pairs : ces conclusions restent donc à confirmer par une publication définitive.