En comparant les microbiotes des Tsimane de Bolivie et des Hadza de Tanzanie, une équipe de Stanford montre que des centaines d’espèces de bactéries ont voyagé avec nos ancêtres pendant des dizaines de milliers d’années. Beaucoup sont aujourd’hui absentes des intestins des populations industrialisées.
Les Tsimane vivent de culture, de chasse et de pêche le long du río Maniqui, en Amazonie bolivienne. Les Hadza sont des chasseurs-cueilleurs du nord de la Tanzanie. Leurs ancêtres se sont séparés il y a des dizaines de milliers d’années et ne se sont jamais revus. Leurs intestins, pourtant, hébergent en grande partie les mêmes habitants.
Douze mille génomes bactériens lus dans l’Amazonie bolivienne
L’équipe de Matthew Carter, Benjamin Good et Justin Sonnenburg a séquencé en profondeur 133 échantillons de selles prélevés chez 85 adultes tsimane en 2009 puis en 2012 et 2013. Elle en a tiré 12 746 génomes de microbes, répartis en 1 408 espèces, qu’elle a comparés à 32 034 génomes obtenus auparavant chez 137 Hadza. Résultat : 87,4 % des espèces trouvées chez les Tsimane (1 231) existent aussi chez les Hadza, et 60 % d’entre elles sont rares ou absentes chez les Européens, les Nord-Américains ou les citadins d’Asie.
Une horloge moléculaire qui s’arrête il y a dix-sept mille ans
Partager des espèces ne prouve rien : on peut les avoir acquises séparément, dans l’environnement ou par contact. Les chercheurs ont donc mesuré depuis quand les souches des deux populations n’échangent plus d’ADN. Sur 636 espèces étudiées en détail, 545 (85,6 %) ne montrent aucun partage récent de souches depuis environ 5 000 ans. Le calcul situe la séparation à environ 17 000 ans en valeur médiane, contre 1 100 ans entre Europe et Amérique du Nord et 4 600 ans entre Asie et Amérique du Nord.
Un microbiote diversifié a migré avec les humains à travers le monde et s’est maintenu pendant des millénaires.
Cette date tombe entre la sortie d’Afrique, vers 60 000 à 70 000 ans, et le peuplement des Amériques, entre 23 000 et 16 000 ans. Une seconde méthode, indépendante, appliquée à 15 espèces, donne des séparations du même ordre.
Ce que l’étude ne dit pas
Ces dates reposent sur le rythme de mutation des bactéries intestinales, encore mal connu : les auteurs insistent sur ces incertitudes. Il s’agit aussi de populations actuelles, pas d’ADN ancien. Les plus vieilles selles fossilisées analysées jusqu’ici n’ont que 1 000 à 2 000 ans, trop jeunes pour suivre une lignée sur des dizaines de milliers d’années. Enfin, quelques espèces font exception : Escherichia coli, par exemple, circule encore largement d’un continent à l’autre.
Des disparus de l’intestin moderne
Beaucoup de ces compagnons anciens appartiennent aux bactéries que les microbiologistes appellent « VANISH », celles qui reculent avec l’industrialisation. Leur présence chez l’ancêtre commun des Tsimane et des Hadza suggère qu’elles ont été perdues, et non jamais acquises. Leur disparition est associée à plusieurs maladies métaboliques et inflammatoires chroniques. Les auteurs évoquent la piste de les réintroduire, en soulignant qu’elle exige un dialogue avec les communautés autochtones qui les ont conservées.
