Sept cent quarante-cinq génomes de sangliers et de cochons d’Eurasie racontent une histoire inattendue, publiée dans Science : bien avant la domestication, un ancêtre du sanglier s’est croisé avec une lignée archaïque et en a reçu un morceau de chromosome X qui pèse encore sur nos élevages.

L’animal que le Néolithique a mis dans nos enclos

Le sanglier est partout en Eurasie, de l’Espagne au Japon, et c’est de lui que descendent tous les cochons domestiques. La domestication du porc est l’un des grands gestes du Néolithique, engagée il y a environ dix mille ans au Proche-Orient et, indépendamment, en Chine. Mais l’histoire qui précède ce geste restait floue : d’où venait le sanglier, par quelles routes s’était-il répandu, et pourquoi variait-il autant d’une région à l’autre ?

Une équipe conduite par Chen, Du et Zheng a repris la question avec sept cent quarante-cinq génomes couvrant les populations eurasiatiques. L’échantillon est assez large pour reconstituer des mouvements de population à l’échelle du continent.

Une expansion partie d’Asie du Sud

Premier résultat : le sanglier s’est répandu depuis l’Asie du Sud au cours du Pléistocène moyen, c’est-à-dire dans la même fenêtre de temps où les populations humaines archaïques circulaient elles aussi d’un bout à l’autre de l’Ancien Monde. Le point de départ ne correspond pas aux foyers de domestication, ce qui rappelle que l’animal a d’abord eu une longue histoire sauvage.

Second résultat, plus surprenant : cette expansion a été précédée par un croisement. Entre trois et cinq millions d’années avant le présent, dans le sud de l’Asie, la population ancestrale du sanglier a reçu du matériel génétique d’une lignée archaïque de suidés, aujourd’hui disparue.

Quarante-trois millions de lettres sur le chromosome X

Ce croisement a laissé une trace massive : un bloc d’environ quarante-trois millions de paires de bases sur le chromosome X, transmis en bloc depuis lors. Ce segment contient des gènes associés à une taille corporelle accrue et à l’adaptation aux climats froids, deux caractères qui ont manifestement servi lors de la conquête des latitudes septentrionales.

Au moment de la domestication, cette région du génome a été sélectionnée au moins trois fois de façon indépendante pour obtenir les races modernes de grande taille.

Autrement dit, les éleveurs néolithiques puis modernes ont, sans le savoir, retravaillé encore et encore un héritage vieux de plusieurs millions d’années. Le cochon lourd des élevages contemporains porte la marque d’un métissage antérieur à l’espèce humaine elle-même.

Un schéma qui commence à devenir familier

Ce mécanisme a un air de déjà-vu, et c’est peut-être le plus intéressant. Chez l’humain, l’introgression néandertalienne et dénisovienne a fourni des variantes liées à l’immunité, à la pigmentation ou à la vie en altitude, que la sélection a ensuite retenues. Chez le sanglier, une lignée archaïque a fourni de la taille et de la résistance au froid, que l’élevage a ensuite amplifiées.

L’introgression apparaît ainsi moins comme un accident que comme une source ordinaire de matière première évolutive, chez nous comme chez les animaux que nous avons domestiqués. Pour l’archéologie du Néolithique, cela ajoute une couche : les premiers éleveurs n’ont pas façonné une page blanche, ils ont sélectionné dans un stock que l’histoire profonde leur avait légué.