Vingt-deux individus échantillonnés dans tout le réseau de Rising Star, vingt signatures protéiques exploitables, et pas un seul marqueur masculin. La plus vaste étude de protéines anciennes jamais menée sur un hominine éteint pose une question que personne n’avait anticipée.

Depuis sa description en 2015, Homo naledi intrigue : un cerveau de la taille de celui d’un chimpanzé, des traits qui mélangent l’archaïque et le moderne, une main faite pour grimper et un pied fait pour marcher, et surtout des centaines de restes accumulés au fond d’un réseau karstique sud-africain d’un accès presque absurde, où il faut se glisser dans une fissure de dix-huit centimètres de large. Les datations situent ces ossements entre 335 000 et 236 000 ans, c’est-à-dire à l’époque où les premiers Homo sapiens apparaissaient sur le même continent.

Pourquoi l’ADN a échoué, et pas les protéines

De ces fossiles, on n’a jamais tiré une seule séquence d’ADN. La molécule est fragile : sous les climats chauds, elle se dégrade en quelques dizaines de milliers d’années, et l’Afrique australe est à peu près le pire endroit pour espérer en récupérer. C’est la raison pour laquelle la révolution paléogénétique, si spectaculaire en Sibérie et en Europe, a longtemps laissé l’Afrique dans l’ombre.

Les protéines, elles, tiennent bien plus longtemps ; surtout celles de l’émail dentaire, le tissu le plus dur du corps, où elles se retrouvent piégées dans un cristal minéral qui les protège. La paléoprotéomique a déjà permis de lire des restes de plus d’un million d’années, et c’est elle qui a établi, en 2025, le statut dénisovien d’une mandibule repêchée au large de Taïwan.

L’amélogénine, un sexeur d’émail

La méthode repose sur une protéine précise, l’amélogénine. Elle existe en deux versions, l’une codée par le chromosome X, l’autre par le chromosome Y, et elles diffèrent assez pour être distinguées par spectrométrie de masse. Détecter la version Y, c’est tenir un homme ; ne détecter que la version X, c’est l’indice d’une femme. Une seule dent suffit, là où la détermination du sexe par le bassin exige un squelette bien conservé et adulte, inutilisable, donc, sur des enfants.

L’étude publiée dans Cell par Palesa Madupe, Enrico Cappellini et leurs collègues porte sur les dents d’au moins vingt-deux individus, prélevés dans toutes les parties du système de Rising Star. C’est, à ce jour, le plus grand ensemble de données protéiques réuni pour un hominine disparu.

Vingt individus, aucun marqueur masculin

Le résultat est net : vingt individus livrent une signature exploitable, et aucun ne présente le marqueur du chromosome Y. Adultes, adolescents, enfants, nourrissons : tous portent des marqueurs compatibles avec le sexe féminin.

Au moins vingt individus montrent une preuve protéique claire de leur sexe chromosomique. Aucun ne présente de marqueur masculin.

Pour mesurer l’étrangeté du constat : si l’assemblage reflétait une population ordinaire, moitié d’hommes moitié de femmes, tirer vingt femmes d’affilée aurait environ une chance sur un million de se produire. Ce n’est donc pas un hasard commode.

Quatre explications, dont une qui dérange

La première est le biais d’échantillonnage : les dents analysées ne sont pas l’assemblage entier, et rien ne garantit que le tri des fossiles à analyser ait été neutre. La deuxième est une pratique sociale ; un espace réservé, un groupe particulier de défunts, une organisation dont nous n’avons aucun autre indice. La troisième renvoie à la composition du groupe lui-même, si les corps déposés là appartenaient à une même lignée ou à une même classe d’âge et de sexe.

La quatrième est méthodologique, et c’est celle qu’il faut garder en tête : ne pas détecter le marqueur Y n’équivaut pas à démontrer son absence. Le peptide masculin est présent en quantité plus faible, et une conservation médiocre peut le faire disparaître des spectres. Les auteurs s’en expliquent et n’ont retenu que les individus au signal clair, mais toute lecture de ce résultat devra passer par cette question avant d’en tirer un scénario.

Ce que cela fait au débat sur les sépultures

La conclusion croise directement la controverse la plus vive de la paléoanthropologie récente : l’équipe de Lee Berger soutient depuis 2023 que ces corps ont été délibérément déposés au fond de la grotte, ce qui ferait d’Homo naledi, avec son petit cerveau, le plus ancien fossoyeur connu. La thèse est contestée : d’autres chercheurs y voient un piège naturel, une accumulation par gravité ou par des carnivores.

Un assemblage exclusivement féminin ne tranche pas la question, mais il la déplace. Un piège naturel n’a aucune raison de trier les sexes ; une pratique humaine, si. C’est peut-être là le vrai poids de cette étude : elle ne prouve pas l’intention, elle rend plus coûteuse l’explication qui s’en passe.