Une équipe de l’université de Californie à Berkeley a mis au point une méthode capable de repérer, dans les génomes actuels, l’héritage de populations humaines disparues dont on n’a jamais séquencé le moindre os. Deux lignées inconnues en ressortent : l’une venue d’Afrique, l’autre issue d’un rameau vieux de 1,8 million d’années.

Environ 2 % du génome de chaque être humain vivant provient d’humanités disparues. On savait déjà que les Néandertaliens et les Dénisoviens y avaient laissé leur part. Une étude parue le 30 juillet 2026 dans la revue Science montre que deux autres lignées, dont aucun fossile n’a jamais livré d’ADN, y ont aussi laissé la leur.

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Jusqu’ici, repérer un héritage archaïque dans notre ADN supposait un point de comparaison : le génome néandertalien, séquencé à partir d’ossements, puis celui de Denisova. Sans os, pas d’ADN ancien ; sans ADN ancien, pas de comparaison possible. Les généticiens soupçonnaient pourtant, depuis une quinzaine d’années, la présence d’autres apports dans nos chromosomes, sans parvenir à les localiser.

L’équipe de Priya Moorjani, professeure de biologie moléculaire à l’université de Californie à Berkeley, a pris le problème par l’autre bout. Sa méthode, baptisée TRACE, ne travaille que sur des génomes de personnes vivantes. Elle reconstitue, segment par segment, la généalogie de chaque portion de chromosome, ce que les spécialistes appellent un graphe de recombinaison ancestrale, puis repère les régions dont l’ascendance remonte anormalement loin dans le temps.

Preuve que le procédé fonctionne : appliqué aux génomes du projet 1000 Genomes, il retrouve tout seul les segments néandertaliens déjà connus, et, chez les populations d’Asie et d’Océanie, les segments dénisoviens. Restaient des régions très anciennes qui ne correspondaient ni aux uns ni aux autres.

Un ancêtre « fantôme » présent chez tous les humains

Ces régions orphelines se répartissent en deux lots, aux histoires distinctes. Le premier provient d’une population que les auteurs nomment l’ancêtre fantôme. Elle se serait séparée de notre lignée il y a environ 800 000 ans, à peu près au moment où Néandertaliens et Dénisoviens divergeaient de leur côté, avant de se métisser avec des Homo sapiens en Afrique, il y a plus de 50 000 ans, donc avant la grande sortie d’Afrique qui a peuplé l’Eurasie.

Conséquence : cet héritage se retrouve partout. « Les populations africaines et non africaines actuelles ont hérité de quantités comparables d’ascendance fantôme, et chaque individu en porte environ 0,5 à 1 % de son génome », résume Yulin Zhang, doctorante à Berkeley et co-premier auteur de l’étude ; un ordre de grandeur comparable à l’apport néandertalien. Jusqu’à présent, les rares indices de cette ascendance laissaient penser qu’elle pouvait n’être présente qu’en Afrique.

Pour Priya Moorjani, le tableau qui se dessine est celui d’une histoire humaine bien moins linéaire qu’on ne l’a longtemps raconté :

On se représente souvent l’évolution humaine comme un arbre qui se ramifie. Les nouvelles données et les nouvelles méthodes révèlent une histoire bien plus enchevêtrée ; une toile de populations reliées par des épisodes répétés de migration et de métissage.

Une lignée « super-archaïque » vieille de 1,8 million d’années

Le second lot est plus surprenant encore. Pour le débusquer, les chercheurs ont analysé les seuls génomes océaniens, ceux qui portent la plus forte proportion d’ADN dénisovien ; jusqu’à 4 %. Ces segments très anciens apparaissent précisément à l’intérieur des régions dénisoviennes : ils ne nous seraient donc pas parvenus directement, mais par ricochet.

Le scénario reconstitué est le suivant : une population issue d’un rameau vieux de 1,8 million d’années se serait mêlée aux Dénisoviens quelque part en Eurasie, il y a plus de 200 000 ans. Les Dénisoviens en portaient entre 3 et 5 % ; seule une fraction de cette fraction est arrivée jusqu’à nous, transmise lors de leurs unions avec Homo sapiens.

« Ce résultat est particulièrement enthousiasmant : il révèle la contribution génétique d’une lignée humaine qui vivait il y a plus d’un million d’années, alors qu’aucun ADN de cette population n’a jamais été séquencé », souligne Arjun Biddanda, chercheur à l’université Johns-Hopkins et co-premier auteur.

Immunité et métabolisme : où se logent ces héritages

Ces apports ne sont pas répartis au hasard. Beaucoup de segments archaïques se concentrent dans des régions du génome liées à l’immunité et au métabolisme. Rien d’étonnant, estime Priya Moorjani : l’adaptation à de nouveaux agents pathogènes et à de nouvelles ressources alimentaires a constitué l’une des pressions de sélection les plus fortes de notre évolution. Se mêler à d’autres groupes humains apportait de la variation génétique nouvelle ; une matière première supplémentaire, dont les variantes avantageuses ont pu être conservées et se répandre au fil des générations.

Autre observation notable : l’ascendance fantôme se détecte jusque dans des portions du génome réputées « intolérantes » à l’ADN néandertalien ou dénisovien, c’est-à-dire des zones où l’héritage archaïque avait été éliminé par la sélection.

Qui étaient-ils ? La question reste ouverte

La méthode date et localise, elle ne met pas de visage. Les auteurs se gardent d’attribuer un nom d’espèce à leurs deux fantômes. Ils notent seulement que les dates de séparation coïncident avec des présences connues : celle des Homo du Pléistocène moyen en Afrique il y a 800 000 ans, et celle d’Homo erectus en Eurasie il y a 1,8 million d’années. Rien de plus, pour l’instant.

Combler ce vide demandera des bases de données génomiques plus diverses, capables de représenter une plus large part de l’humanité, ainsi que d’autres génomes dénisoviens ; un seul a été publié à ce jour. Les protéines fossiles, récemment extraites de restes d’Homo erectus, pourraient elles aussi aider à mettre un nom sur l’ancêtre super-archaïque, là où l’ADN a définitivement disparu.

« Ces méthodes de reconstruction des généalogies sont sans doute la prochaine frontière du domaine », conclut la chercheuse, qui y voit un moyen d’exhumer des épisodes cachés de notre passé sans dépendre de l’ADN ancien. Elles devraient fonctionner, ajoute-t-elle, sur bien d’autres espèces que la nôtre.