Une enquête qui commence dans les dents
L’affaire part d’un tissu discret : le cément, cette fine couche qui gaine la racine des dents. Une équipe de généticiens menée depuis l’université de Copenhague y a prélevé, à la scie stérile, un peu de poudre sur les molaires et prémolaires de 46 personnes inhumées il y a plus de cinq millénaires en Sibérie orientale, puis a recherché tous les microbes pathogènes dont l’ADN aurait survécu.
Les squelettes proviennent de quatre cimetières de chasseurs-cueilleurs, Ust’-Ida I, Bratskii Kamen, Serovo et Shumilikha, tous situés sur les rives de l’Angara, la grande rivière qui s’échappe du lac Baïkal. Un microbe ressort avec insistance : Yersinia pestis, l’agent de la peste. Il est présent chez 18 des 46 individus, soit 39 %. À Ust’-Ida I, le plus vaste cimetière de tradition Isakovo de la région, la bactérie apparaît chez 11 personnes sur 31.
Ce chiffre est d’autant plus frappant qu’il est probablement sous-estimé. Chez des victimes avérées de la peste médiévale, à Smithfield (Londres), le dépistage génétique ne retrouve la bactérie que chez environ une sur cinq. L’ADN ancien rate beaucoup de malades.
Des chasseurs, pas des agriculteurs
Qui étaient ces gens ? La terminologie archéologique sibérienne range ces sépultures dans le « Néolithique récent », mais le mot trompe le lecteur européen. En Sibérie, le Néolithique se définit par des techniques : l’arc, la poterie, le polissage de la pierre. Il n’y a ni céréales ni troupeaux, et le chien est le seul animal domestique. Les analyses isotopiques montrent un régime de poissons de l’Angara et de gibier terrestre.
Leur génome confirme l’image de groupes mobiles : très peu de consanguinité, une taille de population efficace (un indicateur génétique) d’environ 18 000 personnes, des liens de parenté entre cimetières éloignés parfois de 340 kilomètres. La rivière servait de route.
Les morts se répartissent en deux phases d’épidémie, séparées de quatre à six siècles. La première, datée entre 5 520 et 5 265 ans avant le présent, touche des tombes de tradition Isakovo, avec ses vases d’argile en forme de mitre et ses pointes de flèche. La seconde, plus difficile à cerner faute de dates (sa fourchette la plus probable se situe vers 5 050 à 4 850 ans), frappe des tombes de tradition Serovo. Bratskii Kamen est touché les deux fois.
Des arbres généalogiques de victimes
La génétique ne se contente pas de trouver le microbe : elle reconstitue aussi les familles. En croisant les liens de parenté, l’âge au décès estimé sur les os et les datations au radiocarbone, l’équipe montre qu’à Ust’-Ida I, la première épidémie s’est déroulée en moins d’une génération. Plus de la moitié des tombes y sont multiples, sans trace de réouverture : on a enterré ensemble des gens morts en même temps.
Certaines tombes racontent une histoire précise. À Bratskii Kamen, trois fillettes de 4 à 9 ans reposent côte à côte. Deux sont cousines, la troisième partage avec elles une lignée maternelle rare : toutes trois portaient la peste. À Ust’-Ida I, une tante et son neveu, enterrés ensemble, étaient tous deux infectés.
Ces deuils groupés au sein des familles plaident pour une transmission d’une personne à l’autre. Et il restait des survivants : quelqu’un a creusé les fosses, déposé les offrandes habituelles et rapproché les parents dans la mort.
Les morts de la peste du Baïkal sont d’abord des enfants : le pic de mortalité se situe entre 7 ans et demi et 11 ans.
Une maladie qui frappait les enfants
C’est l’observation la plus troublante. À Ust’-Ida I et à Bratskii Kamen, les deux cimetières les plus touchés, la mortalité culmine avant la puberté, entre 7,5 et 11 ans. À Bratskii Kamen, aucun décès n’est enregistré entre 20 et 35 ans. Les parents sont presque absents des arbres généalogiques.
Une immunité acquise par les adultes supposerait des épidémies récurrentes que rien ne montre ; une exposition plus forte des enfants n’est confirmée par aucun autre cimetière. Reste la piste immunitaire : les enfants réagissent plus mal à ce type de bactéries, comme on le voit aujourd’hui avec les infections à Yersinia pseudotuberculosis, la proche cousine de la peste.
Et c’est là qu’intervient un gène. Les souches du Baïkal portent ypm, qui code un « superantigène », une toxine capable d’emballer le système immunitaire. Absent des pestes historiques, ce gène existe chez Y. pseudotuberculosis, où il est associé à la fièvre scarlatiniforme d’Extrême-Orient et à un syndrome proche de la maladie de Kawasaki, qui touchent surtout des enfants. La version du Baïkal ne diffère que de trois positions de la forme réputée la plus virulente. Les auteurs restent prudents : seule une étude fonctionnelle dira si ce gène a réellement aggravé la maladie.
Pas encore la peste noire
Il faut se garder d’imaginer bubons et rats. Ces souches n’ont ni le gène ymt, qui permet à la bactérie de survivre dans le tube digestif de la puce, ni les autres éléments nécessaires à la forme bubonique. Cette capacité n’apparaît, d’après des génomes de la région de Samara, que vers 3 800 ans avant le présent. La piqûre de puce est donc peu probable au Baïkal.
Comment la maladie circulait-elle ? Le réservoir le plus plausible est la marmotte de Sibérie, le tarbagan, qui transmet encore la peste dans la région. Avec les souches actuelles, la consommation d’organes crus d’un animal infecté provoque une forme septicémique ; le dépeçage peut faire inhaler des gouttelettes de sang et déclencher une forme pulmonaire, qui se transmet ensuite par la toux. Des dents de marmotte ornent les tombes plus anciennes de la culture Kitoi, au Néolithique ancien, mais on n’en trouve pas dans celles du Néolithique récent. Le scénario « marmotte, puis contagion entre proches » est cohérent, il n’est pas démontré.
Les deux phases ont des souches légèrement différentes, ce qui évoque deux passages distincts de l’animal à l’homme plutôt qu’une maladie installée.
L’idée reçue renversée
Jusqu’ici, la plus ancienne peste connue était européenne. Fin 2018, une souche très ancienne avait été identifiée chez des agriculteurs néolithiques de Suède, dans la tombe collective de Frälsegården, et ses découvreurs y voyaient l’indice d’une pandémie qui aurait contribué au « déclin néolithique », cet effondrement démographique observé en Europe entre 5 300 et 4 900 ans. En 2021, un chasseur-pêcheur de Riņņukalns, en Lettonie, livrait une souche voisine ; ses auteurs penchaient au contraire pour des contaminations isolées et une bactérie peu transmissible. En 2024, la peste était détectée chez au moins 17 % de 108 Néolithiques scandinaves.
Les souches du Baïkal se placent à la base de l’arbre de toutes les pestes connues et repoussent l’émergence de la bactérie avant 5 700 ans environ. Elles plaident pour une origine en Asie centrale ou du Nord-Est. Surtout, elles frappent de petits groupes mobiles, loin du monde agricole européen. La densité de population, l’élevage et la sédentarité ne sont donc pas des conditions nécessaires à une épidémie meurtrière. Cela affaiblit aussi l’idée que la peste aurait été le facteur propre du déclin néolithique européen, sans l’écarter.
Ce qui reste à prouver
L’échantillon est petit : 46 personnes, dans quatre cimetières. La seconde phase ne repose que sur deux datations directes. Certaines dispositions de tombes suggèrent des morts plus étalées qu’un seul épisode. La létalité est déduite du profil des âges et de la concentration des dates, non observée directement. Enfin, les plus proches parentes de ces souches se trouvent à quelque 5 000 kilomètres à l’ouest, en Europe du Nord : les auteurs y voient un vaste réservoir de rongeurs à l’échelle du continent, d’où la bactérie aurait débordé çà et là, une hypothèse qui reste à tester.
Le constat de fond, lui, tient : les maladies venues des animaux n’ont pas attendu les villes. Il y a 5 500 ans, au bord de l’Angara, des familles de chasseurs enterraient leurs enfants morts d’une peste que personne ne savait nommer.
